鎌倉時代前期の薬師如来が
現存することから鎌倉時代の
創建と思われます。
文明年間、僧性宥（しょうゆう）の
中興（ちゅうこう）。
境内には貞享（じょうきょう）
四年（一六八七）に、
諸河講中同行六十人によって
建立された聖観音像があります。
江戸時代には高野山派の
中本山格の寺であり、
徳川将軍家の位牌をはじめ、
歴代将軍の御朱印状が現存するなど、
古文書が多数あります。
また、徳川家康が上杉征伐の折、
山内一豊が宝蔵寺に宿営しています。
本堂左手奥に、菅原道真公の像が
建てられており、学問の寺で
あったことも今に残しています。